Однією з умов забезпечення ефективного транскордонного та міжрегіонального співробітництва на прикордонних територіях України та Словаччини є наявність інституційної платформи. Відповідно до потреб прикордонних регіонів у забезпеченні системного підходу до розвитку українсько-словацького співробітництва у Закарпатській області розпочинає свою діяльність новостворена організація – "Українсько-словацький центр транскордонного співробітництва "Карпати". Рішення про необхідність створення нової організації було прийнято та офіційно проголошено на засіданні Міжурядової Україно-Словацької комісії ще у 2004 році.

На даний час, у Закарпатській області створені агенції місцевого і регіонального розвитку, які мають великий потенціал, спрямований на поліпшення соціально-економічного розвитку даного регіону. В рамках різноманітних регіональних та міжнародних програм здійснюються комплексні навчання державних службовців, органів самоврядування та представників неурядових організацій щодо проектного менеджменту з метою активізації залучення додаткових коштів у розвиток області через запровадження проектів в рамках Програм Європейського Союзу. Найбільш результативними прикладами інституалізації транскордонного співробітництва в регіоні є діяльність єврорегіонів, а їх ефективність можна оцінити через діяльність галузевих робочих груп, створених в рамках даних утворень, оскільки вони створені для сталого та системного характеру діяльності.

Цей досвід дає підстави керівництву новоствореного "Українсько-словацького центру транскордонного співробітництва "Карпати" спрямувати свою роботу у подоланні основних бар'єрів розвитку українсько-словацького транскордонного співробітництва, а також для прийняття ефективного рішення щодо форм та методів його поглиблення.

Серед основних бар’єрів даного співробітництва у Карпатському регіоні відомі наступні:

1. Нестача досвіду налагодження транскордонної співпраці у представників органів влади різного рівня, опосередковано - у підприємницьких структур, громадських інституцій.
2. Брак коштів для фінансування ініціатив міжнародними організаціями, зокрема Європейським Союзом, органами влади різного рівня країн Центральної Європи та України. Низька прозорість нормативної бази для здійснення фінансування транскордонних проектів.
3. Відсутність політичного рішення та практичних навичок спільного планування розвитку прикордонних територій, що, в цілому, гальмує і розвиток інших економічних ініціатив, зокрема розбудову інфраструктури прикордоння.
4. Різниця між рівнями децентралізації управління у країнах Центральної Європи та в Україні, специфіка правової системи України, норми якої часто вступають в колізію з нормами ЄС у сфері управління, підприємницької діяльності.

Виходячи із аналізу стану та стратегічного бачення розвитку транскордонного співробітництва у Карпатському регіоні викладеному у "Стратегії транскордонного співробітництва "Карпати 2004-2011", Закону України "Про транскордонне співробітництво", керівництво "Українсько-словацького центру транскордонного співробітництва "Карпати" у подальшій своїй роботі керуватиметься важливістю розвитку транскордонного співробітництва України згідно європейських критеріїв обумовленою низькою об’єктивних чинників, які впливають на розвиток прикордонних регіонів України, зокрема України та Словаччини, що визначатиме його майбутнє у теперішньому та майбутньому часі.